新疆证监局内设4个处室，分别为：办公室（党委办公室）、上市公司监管处、机构监管处、稽查处。各处室主要职责是：

办公室（党委办公室）：负责全局公文审核与秘书管理、机要与保密管理、文书与档案管理；信息系统管理；行政许可受理；接待、处理涉及证券期货的来电、来信、来访和举报受理；行政事务管理；财务管理、人事劳资、对外联络、安全保卫、督办以及全局综合协调工作；党务、纪检监察、精神文明建设，指导工会、共青团、妇女组织的工作。

   上市公司监管处：负责辖区内拟上市公司辅导工作监管及现场检查、验收；就上市公司再融资、并购重组等事项出具监管意见书；上市公司信息披露事项的事后审阅、现场检查；上市公司治理结构规范情况的监管；上市公司募集资金使用情况的持续监管；上市公司重大风险的监控、通报、处置；上市公司退市风险防范；非上市公众公司监管；对在本辖区内开展证券业务的中介机构进行监管；协助调查处理涉及上市公司、拟上市公司的投诉举报事项。

机构监管处：负责对辖区内证券经营机构、期货经纪机构、登记托管结算机构、证券期货投资咨询机构、信息传播机构、证券投资基金管理机构及其从业人员的业务活动进行监管；负责对经营机构及从业人员资格初审及年检初审；督促证券期货经营机构落实行业技术管理规范，对有关信息技术资格进行核准调查；负责辖区内证券期货行业统计信息的收集、整理。

稽查处：负责对辖区内证券期货违法违规事项进行立案调查；承办证监会交办的案件或调查事项；办理证监会其他派出机构请求协助案件调查的事项；协助公安、司法等有关部门调查涉及辖区内证券期货违法案件，打击非法证券发行及非法证券期货交易行为，维护市场正常秩序；协助做好案件审理、行政复议的相关工作；监督执行证监会做出的行政处罚决定；负责处理本辖区案件诉讼；主办证券、期货业务投诉举报事项的调查处理等。