新疆证监局前身是自治区证券管理办公室和兵团证券管理办公室，根据国务院建立全国集中统一证券监管体制的决定，两办分别于1998年11月13日和12月21日由中国证券监督管理委员会正式接收，并于1999年7月1日正式挂牌成立“中共中国证监会乌鲁木齐证券监管特派员办事处委员会”和“中国证券监督管理委员会乌鲁木齐证券监管特派员办事处”，2004年3月更名为中国证监会新疆证监局。

新疆证监局现有工作人员36人，其中：研究生学历5人，双学士2人，大学本科29人，大专2人。现有注册会计师10名，律师4名，注册资产评估师1名，计算机工程师2名，另有获高级职称者4名。

新疆证监局的主要职责是：认真贯彻执行国家有关法律、法规和方针政策，依据中国证监会的授权负责辖区证券期货市场的监管工作，包括对自治区及兵团上市公司进行监管和拟上市企业改制辅导情况进行调查验收；对证券、期货经营机构，投资咨询机构和从事证券业务的会计师、律师事务所、土地估价所等中介机构以及从事证券宣传的媒体进行监督管理；依法查处辖区内监管范围的违法、违规案件，调解证券、期货业务纠纷和争议，以及中国证券监督管理委员会授予的其他职责。

新疆证监局下设办公室（党委办公室）、上市公司监管处、机构监管处（含期货）、稽查处。