保护投资者合法权益，维护投资者信心，对证券市场的健康发展至关重要。修订后的两法围绕“保护社会公众投资者特别是中小投资者合法权益”这一重点，通过一系列的立法规定，健全了对投资者尤其是中小投资者合法权益的保护机制。

首先，进一步规范股票发行上市行为。通过立法明确了公开发行的概念，对发行人在短期内多次向不超过二百人的特定对象发行证券的行为进行必要的限制，防止变相公开发行证券的行为；建立了证券发行的保荐制度和发行申请文件的预披露制度,从制度上进一步保障发行人的质量,提高发行透明度,防范发行人采取虚假手段骗取发行上市。上述制度安排，完善了证券发行程序，有利于保护投资者利益。

其次，提高上市公司质量。针对近几年上市公司频频出现的公司治理结构不完善、大股东占用资金以及信息披露虚假等突出问题，修订后的两法，增加了对公司治理结构的要求，加大股东或实际控制人诚信义务要求；增加公司实际控制人信息的披露，明确发行人及其高管人员、保荐人、承销的证券公司对因虚假陈述致使投资者遭受的损失承担连带赔偿责任。从而，为上市公司质量的提高提供了法律框架，为保护投资者的利益提供了一个法律保障。

第三，推动证券公司综合治理，防范和化解证券市场风险。修订后的证券法，吸取了近年来对证券公司进行综合治理的经验,增加了相应的法律规定：健全证券公司内控制度, 建立客户交易结算资金独立存管制度，确保客户资金安全；确立证券公司董事、监事、高管人员任职资格管理制度；增加对证券公司主要股东的资格要求；补充和完善监管部门对证券公司的监管措施，对证券公司严格监管，使证券公司的经营管理走向规范。上述规定，从机制上根除了证券公司存在的隐患问题，有效地防范和化解市场风险。

第四，建立健全对投资者造成损害的民事赔偿制度。规定内幕交易、操纵市场、传播虚假信息或误导投资者信息和欺诈客户的行为给投资者造成损失的,行为人应当承担赔偿责任；发行人、上市公司因虚假记载、误导性陈述或者重大遗漏,致使投资者在证券交易中遭受损失的,应当承担赔偿责任，发行人、上市公司的董事、监事、高管人员和其他直接责任人员以及保荐人、承销的证券公司,要与发行人、上市公司承担连带赔偿责任；上市公司的收购人利用收购损害被收购公司及其股东合法权益并造成损失的,要依法承担赔偿责任；证券公司违背客户的委托买卖证券、办理交易事项给客户造成损失的,依法承担赔偿责任；有限责任公司符合法定分配利润条件而连续五年不分红的，股东可向人民法院提起诉讼。随着证券诉讼体制逐步健全，其保护投资者权益的功能将逐步发挥。

最后，确立证券投资者保护基金制度。近年来，一些证券公司出现的挪用、质押客户交易结算资金和占用客户资产等违法违规现象，侵害了投资者的利益，损害了证券公司的行业形象。为切实保护投资者的合法权益，新修订的证券法确立了证券投资者保护基金制度。设立投资者保护基金，不仅是建立防范和处置证券公司风险长效机制的一项重要措施，而且是证券投资者保护的最终措施之一。在这一制度框架下，证券公司因关闭、破产退出市场时，证券公司挪用、侵占的投资者资产，将由投资者保护基金按照国家有关政策予以收购，这就从立法上健全和完善了保护投资者尤其是中小投资者合法权益的机制。