证券回购交易，是指证券买卖双方在成交同时就约定于未来某一时间以某一价格双方再行反向成交。其实质内容是：证券的持有方（融资者、资金需求方）以持有的证券作抵押，获得一定期限内的资金使用权，期满后则须归还借贷的资金，并按约定支付一定的利息；而资金的贷出方（融券方、资金供应方）则暂时放弃相应资金的使用权，从而获得融资方的证券抵押权，并于回购期满时归还对方抵押的证券，收回融出资金并获得一定利息。

以券融资（买方）业务流程
（1）以券融资方向证券经营机构提出委托申请，证券经营机构审核其在该证券经营机构开设于登记结算机构处债券帐户内是否有足额的可用于融资抵押的债券量。由于国债回购交易成交后的资金清算与债券管理均通过证券经营机构开设在登记结算机构处的自营帐户进行，因此，证券经营机构在接受以券融资者的委托申请时，必须检验其是否事先已将足额的用于融资的抵押债券存入该证券经营机构在登记清算公司的债券帐户内。若融资方在成交当日无足够的抵押债券，交易所将冻结其当天成交融入的资金，直至其将库存补足，其间造成的损失由融资方负责。
（2）证券经营机构审核无误后，由工作人员向交易所电脑主机进行申报。申报方向为买入（B），申报的价格为每百元资金收益率。在这里，工作人员应注意委托数量。以上海证券交易所为例委托数量必须是10万元（100手）面值及其整倍数，每笔申报限量，最大不得超过1万手。
（3）经交易所主机配对撮合成交。当天闭市后，由登记结算机构读回成交数据。
（4）登记结算机构根据成交数据，依有关交易规则向证券经营机构划拔融入资金并迸冻结其相应的国债券。
（5）初始成交后第二天，证券经营机构将融入的资金划入融资者在该证券经营机构处开立的资金帐户。
（6）回购到期日前，客户应将融入资金本息（按初始交易时约定价计算）划入融资者在该证券经营机构处开立的资金帐户。
（7）回购到期日，交易所电脑系统自动产生一条反向成交记录（无需交易双方再行申报）。闭市后，由登记结算机构读回成交数据。
（8）登记结算机构根据成交数据并依回购交易规则向证券经营机构划回冻结债券，同时收取资金的本息。
（9）以券融资者的抵押债券解冻。

以资融券（卖方）业务流程
（1）以资融券方向证券经营机构提出委托申请并应事先向证券经营机构交存足额的融出资金。
（2）证券经营机构工作人员审核无误并在确认资金已到帐的情况下接受委托，由工作人员向交易所电脑主机进行申报。申报方向为卖出（S），申报价格为每百元资金年收益率。
（3）经证券交易所主机配对撮合成交。当天闭市后，由登记结算机构读回成交数据。
（4）登记结算机构根据成交数据并依有关交易规则从证券经营机构清算帐户中划出融出资金，而对于交易对手抵押的债券，目前交易所不直接划入以资融券方证券经营机构的债券帐户，而由登记结算机构予心冻结。
（5）回购到期日，交易所电脑系统自动产生一条反向成交记录，闭市后由登记结算机构读回成交数据。
（6）登记结算机构根据成交数据并依回购交易规则向融出资金方的证券经营机构清算帐户划回融出资金本息。
（7）证券经营机构于第二天将登记结算机构划回的融出资金本息划到客户在其处开立的资金帐户。

回购条件
1、用于证券回购的券种只能是国库券和中国人民银行批准发行的金融债券。
2、在债券回购交易过程中，以券融资方应确保在回购成交至购回日期间其在登记结算机构保留存放的标准券的数量应等于回购抵押的债券量，否则将按卖空国债的规定予以处罚。若融资方在成交当日无足够的抵押债券，交易所将冻结其当天成交融入的资金，直至其将库存补足，其间造成的损失由融资方负责。另外，回购期满时，如融资方未按规定将资金划拔到位，其抵押的标准券将用于平创交割。
3、在债券回购交易过程中的以资融券方，在初始交易前必须将足够的资金存入所委托的证券经营机构的证券清算帐户。在回购期内不得动用抵押债券。

禁止行为
1、禁止任何金融机构挪用个人或机构委托其保管的债券进行回购交易或作其他用途。
2、禁止任何金融机构以租券、借券等方式从事证券回购交易（按规定用以回购交易的债券应是属于自己的债券）。
3、禁止将回购资金用于固定资产投资、期货市场投资和股本投资。这是由回购期限、回购资金属性所决定的。从回购期限来看，一般期限较短，最长不超过1年；从回购资金属性来看，主要是为解决短期流动需要，短期资金的长期使用必然会带来信用混乱。

年收益率报价方式及规定
在债券回购交易双方在报价时，直接输入资金年收益率的数值，可省略百分号（%）。上交所1994年9月6日规定最小报价变动为0.005或其整数倍。深交所1995年7月24日规定最小报价变动为0.01或其整数倍。

交易单位
上交所规定回购交易数量必须是100手（1手为1000元面额国债），即10万元面值及其整数倍。
深交所规定交易单位为合计面额1000元（即1手）及其整数倍。

回购清算
由于回购业务在初始成交时双方即确定了将来反向成交时间、价格等要素，为了简化手，交易所对回购的交易均采用一次交易方式，即回购交易双方只需在初始交易时就将来成交价进行竞价申报，成交后回购到期日的反向成交则由交易所电脑系统自动产生成交记录。
在清算时：1、交易当日清算价格统一按标准券面值100元计算，双方据此付款或付券。2、在回购到期日，交易所按竞价达成的收益率计算出购回价=100元+年收益率×100元×回购天数/360或365