党务工作办公室（纪检监察室）：主要承担本局的党务、纪检监察、精神文明建设、思想政治教育及党风廉政建设工作；负责劳动工资、人事管理、因公出国（境）报批等工作。

办公室：主要承担本局机关综合性行政事务。具体负责与地方各级政府及有关部门进行日常联系；负责对外新闻和宣传工作；负责文件收发、传递、审核和跟踪督办；负责文电、机要、保密、档案管理、印章管理、安全保卫；负责证券期货监管信息系统建设和管理，以及本局计算机网络设备的管理、更新和维护工作；负责本局财务与机关内勤事务管理。

上市公司监管一处：承担辖区在上海证券交易所挂牌的上市公司监管工作；负责落实上市公司辖区监管责任制，与地方政府、新闻媒体、上市公司协会、交易所等进行协作监管；推动公司治理、独立董事制度等规范市场主体的基础性制度建设；负责对非公开发行股票公司进行监管；负责对会计师事务所的监管工作。

上市公司监管二处：承担辖区在深圳证券交易所挂牌的上市公司及辖区拟上市公司监管工作；落实证券市场主体的培育和拟上市公司的改制辅导监管工作；负责中介机构监管和跨辖区协作监管，开展相关调查研究。

机构监管处：负责对辖区的证券经营机构、证券投资咨询公司、证券投资基金管理机构及其从业人员的业务活动进行监管。

期货监管处：负责对辖区内期货经营机构、期货投资咨询机构进行监管；协助期货交易所对本辖区内的期货交易所非经纪公司会员的有关期货业务进行监管。

稽查处：负责对辖区内违反证券期货市场法规的案件进行调查处理或移送、协助司法机关调查处理；监督执行本系统作出的行政处罚决定；负责辖区打击非法证券期货活动的协调、指导、联络及案件调查等工作；调解辖区内证券、期货业务纠纷和争议，处理有关的来信来访。