协调处：承担首席稽查办公室日常事务，协助首席稽查开展有关工作。

    立案处：负责收集、处理违法违规情况和信息；提出启动非正式调查的建议；根据非正式调查结果提出是否正式立案的建议；协调分配案件调查任务；负责派出机构立案报备及案件经费预算。

    督查一处、督查二处、督查三处：负责组织、督促、协调、指导地方稽查局和派出机构案件调查工作。

    复核处：负责地方稽查局和派出机构的案件调查复核工作，办理移送手续。

    执行处：组织、协调行政处罚的执行，协调、指导地方稽查局和派出机构的相关执行工作。

    反洗钱与涉外案件调查处：负责组织、协调、指导证券期货行业的反洗钱工作，拟订证券期货行业反洗钱的实施细则；负责协调跨境案件的调查工作，拟订案件跨境调查国际合作的程序规定、实施办法。